役員・従業員が会社に通勤するための交通手当のことです。
それぞれの通勤手段により、所得税が加算されるかどうかの限度額が設定されています。
会社が通勤定期券を購入して現物支給するケースもあります。

なお、所得税法上は非課税の扱いができるのですが、社会保険料の標準報酬を算定する際にはその計算に含まれることに注意が必要です。従業員に支給している通勤手当の内、下記の条件にあてはまる区分については、その最高限度まで所得税がかからないことになっています。
給与計算、年末調整の際、課税対象にしないように気を付けてください。
 

区分		課税されない金額
（１）交通機関又は有料道路を利用している人に支給する通勤手当		１か月当たりの合理的な運賃等の額 （最高限度　100,000円）
（２）自動車や自転車などの交通用具を使用している人に支給する通勤手当	通勤距離が片道55キロメートル以上である場合	31,600円
	通勤距離が片道45キロメートル以上55キロメートル未満である場合	28,000円
	通勤距離が片道35キロメートル以上45キロメートル未満である場合	24,400円
	通勤距離が片道25キロメートル以上35キロメートル未満である場合	18,700円
	通勤距離が片道15キロメートル以上25キロメートル未満である場合	12,900円
	通勤距離が片道10キロメートル以上15キロメートル未満である場合	7,100円
	通勤距離が片道２キロメートル以上10キロメートル未満である場合	4,200円
	通勤距離が片道２キロメートル未満である場合	（全額課税）
（３）交通機関を利用している人に支給する通勤用定期乗車券		１か月当たりの合理的な運賃等の額 （最高限度　100,000円）
（４）交通機関又は有料道路を利用するほか、交通用具も使用している人に支給する通勤手当や通勤用定期乗車券		１か月当たりの合理的な運賃等の額と（２）の金額との合計額 （最高限度　100,000円）

*1「合理的な運賃等の額」とは？
一般的に見て、その通勤に使われた経路及び方法が経済的で、かつ合理的と認められる運賃・料金等のことをいいます。
新幹線を利用した場合の特別急行料金はこれに含まれますが、グリーン料金は含まれません。（平元直法6-3）

*2「運賃相当額」とは？
交通用具を使用している人が交通機関を利用したとしたならば、負担することとなる１ヶ月あたりの合理的な運賃等の額に相当する金額をいいます。（所令20の2）
参考資料：財団法人大蔵財務協会「年末調整のしかた」