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まず源泉徴収について説明しますと、扶養控除等申告書を提出している会社では、甲欄により源泉徴収されますので、月額87,000円未満の給与については源泉徴収税額は発生しませんし、年末調整もしてもらえます。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2511.htm

扶養控除等申告書を提出していない会社については、乙欄により源泉徴収されますので、金額に関わらず、最低でも５％の源泉徴収はされますし、年末調整もできません。
（ですから、年末調整を２ヶ所で行うのは不可能です。）
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2520.htm

この扶養控除等申告書については、同時に二ヶ所には提出できませんので、年末調整してもらっている、という事は、そちらの会社の方に提出している訳ですので、専従者の方については、同時に働いているのであれば、提出できず、乙欄により源泉徴収すべき事となりますので、８万円未満であっても源泉徴収税額は発生しますので、源泉徴収漏れ、という事になってしまいます。
ただ、専従者自体に問題があるとは思いますが、後で触れるとして、説明を続けます。

確定申告については、二ヶ所以上に給与がある場合であっても、主たる給与以外の給与収入が２０万円以下であれば、確定申告はしなくても良い事となりますが、２０万円を超えていれば、確定申告しなければならない事となります。
ただ、２０万円以下であっても、大前提として正しく源泉徴収されていることが必要ですので、そうでなければ、例え２０万円以下であっても確定申告はしなければならない事となります。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/1900.htm
ですから、今回のケースは、いずれにしても確定申告しなければならない、という事になります。

それと専従者給与についてですが、専らその事業に従事していることが大前提ですので、他に会社に勤めている場合は、認められないはずだと思います。
別スレでも気になりつつ書きましたが、専従者給与の仕事に昼間就いていて、夜間や休日に会社に勤めているのであれば、認められますが、おそらく年末調整までしている状態であれば、そうではないと思いますので、専従者給与そのものが問題になるのでは、と思います。
そもそも専従者給与で、従たる給与、というのはあり得ないと思いますし。

原則として、生計を一にする配偶者その他の親族に対して支払う経費は一切認められておらず、その特例として、特別に専従者給与がある訳で、実際に仕事をしていたとしても、届出をしていたとしても、専ら従事していなければ、認められない、というものです。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2075.htm

まず源泉徴収について説明しますと、扶養控除等申告書を提出している会社では、甲欄により源泉徴収されますので、月額87,000円未満の給与については源泉徴収税額は発生しませんし、年末調整もしてもらえます。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2511.htm

扶養控除等申告書を提出していない会社については、乙欄により源泉徴収されますので、金額に関わらず、最低でも５％の源泉徴収はされますし、年末調整もできません。
（ですから、年末調整を２ヶ所で行うのは不可能です。）
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2520.htm

この扶養控除等申告書については、同時に二ヶ所には提出できませんので、年末調整してもらっている、という事は、そちらの会社の方に提出している訳ですので、専従者の方については、同時に働いているのであれば、提出できず、乙欄により源泉徴収すべき事となりますので、８万円未満であっても源泉徴収税額は発生しますので、源泉徴収漏れ、という事になってしまいます。
ただ、専従者自体に問題があるとは思いますが、後で触れるとして、説明を続けます。

確定申告については、二ヶ所以上に給与がある場合であっても、主たる給与以外の給与収入が２０万円以下であれば、確定申告はしなくても良い事となりますが、２０万円を超えていれば、確定申告しなければならない事となります。
ただ、２０万円以下であっても、大前提として正しく源泉徴収されていることが必要ですので、そうでなければ、例え２０万円以下であっても確定申告はしなければならない事となります。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/1900.htm
ですから、今回のケースは、いずれにしても確定申告しなければならない、という事になります。

それと専従者給与についてですが、専らその事業に従事していることが大前提ですので、他に会社に勤めている場合は、認められないはずだと思います。
別スレでも気になりつつ書きましたが、専従者給与の仕事に昼間就いていて、夜間や休日に会社に勤めているのであれば、認められますが、おそらく年末調整までしている状態であれば、そうではないと思いますので、専従者給与そのものが問題になるのでは、と思います。
そもそも専従者給与で、従たる給与、というのはあり得ないと思いますし。

原則として、生計を一にする配偶者その他の親族に対して支払う経費は一切認められておらず、その特例として、特別に専従者給与がある訳で、実際に仕事をしていたとしても、届出をしていたとしても、専ら従事していなければ、認められない、というものです。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2075.htm

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kamehenさん、とても詳しく回答して頂きありがとうございます。

全部読んでみました。


「青色事業専従者給与に関する届出書」を提出した当時、
フルタイム勤務で他から給与収入があることも相談した上で、
届出書を提出していたのですが、本当は認められないことのようですね。

でも、その後の経過としては、青色事業専従者給与として認められる要件全てにあてはまっていたので、その点では問題はなかったのだろうと思います。

扶養控除等申告書は会社に提出するものなので、それぞれの会社に本人が言わないことには別の会社にも提出していることは分かりませんよね。

それで専従者給与の方で源泉徴収をせず、申告もしていなかったという点は問題があったようですが、指摘されなかったのは、結局収めなければならない税金が０だったからなのかなと思いますが、どうなでしょう．．．

kamehenさん、とても詳しく回答して頂きありがとうございます。

全部読んでみました。


「青色事業専従者給与に関する届出書」を提出した当時、
フルタイム勤務で他から給与収入があることも相談した上で、
届出書を提出していたのですが、本当は認められないことのようですね。

でも、その後の経過としては、青色事業専従者給与として認められる要件全てにあてはまっていたので、その点では問題はなかったのだろうと思います。

扶養控除等申告書は会社に提出するものなので、それぞれの会社に本人が言わないことには別の会社にも提出していることは分かりませんよね。

それで専従者給与の方で源泉徴収をせず、申告もしていなかったという点は問題があったようですが、指摘されなかったのは、結局収めなければならない税金が０だったからなのかなと思いますが、どうなでしょう．．．

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横から失礼致します。

税金が０円だったから税務署から『指摘されなかった』のではなく、『まだ指摘されていないだけ』だと思うのですが…。
税務署も一期間に年末調整や確定申告が集中するのですから、すぐ確認出来る訳ではないので書類は一旦受理しておき、後から確認に入る様です。
知り合いの方も、２ヶ所以上から給与があるのに確定申告せずに放置していた為、随分日が経ってから税務署から指摘されたそうです。

しかし、青色事業専従者給与の問題はmarumiさんだけの問題ではなく、事業主にも追求が及ぶ事になりますので、早急に訂正される事をお勧めします。

横から失礼致します。

税金が０円だったから税務署から『指摘されなかった』のではなく、『まだ指摘されていないだけ』だと思うのですが…。
税務署も一期間に年末調整や確定申告が集中するのですから、すぐ確認出来る訳ではないので書類は一旦受理しておき、後から確認に入る様です。
知り合いの方も、２ヶ所以上から給与があるのに確定申告せずに放置していた為、随分日が経ってから税務署から指摘されたそうです。

しかし、青色事業専従者給与の問題はmarumiさんだけの問題ではなく、事業主にも追求が及ぶ事になりますので、早急に訂正される事をお勧めします。

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ZELDAさん、アドバイスありがとうございます。

実はもうずいぶん前の話で、事業閉鎖の届出をしてから4年経っています。
当時担当して頂いていた税理士さんも引退されていますし、
4年も経ってから所得税の追加徴収分があるわけでもなく、
でもやはり訂正するように税務署から連絡が来ることもあるのでしょうか．．．(^_^;)

ZELDAさん、アドバイスありがとうございます。

実はもうずいぶん前の話で、事業閉鎖の届出をしてから4年経っています。
当時担当して頂いていた税理士さんも引退されていますし、
4年も経ってから所得税の追加徴収分があるわけでもなく、
でもやはり訂正するように税務署から連絡が来ることもあるのでしょうか．．．(^_^;)

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そんなに以前の事でしたか。

確か、所得税の時効は５年と記憶しています。（あやふやな記憶で申し訳ありません。）
ですので、その期間は税務署から指摘があれば何らかの対処が必要です。
当時担当して頂いていた税理士さんが引退されているのであれば、その頃の事情を把握している専門家がいないという事になりますので、税務調査があれば大変かと…。

そんなに以前の事でしたか。

確か、所得税の時効は５年と記憶しています。（あやふやな記憶で申し訳ありません。）
ですので、その期間は税務署から指摘があれば何らかの対処が必要です。
当時担当して頂いていた税理士さんが引退されているのであれば、その頃の事情を把握している専門家がいないという事になりますので、税務調査があれば大変かと…。

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