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質問は、結局、別表５(2)には何を記入するのかと言うことでしょうか。
源泉税の税額控除額についてはikkaiさんのご回答通りで、
「別表構成上、別表4の31欄には別表6(一)「6のマル3」の金額を記入しさえすればよく、別表4と別表5(2)とは直接のリンクはありません。」
「別表5(2)は、利益積立金額の計算上控除する法人税等の税額の発生及び納付の状況並びに納税充当金の積立て又は取崩しの状況を明らかにするために使用します。」（法人税申告書記載の手引き平成23年版）
すなわち、法人税、法人住民税及び法人事業税の発生と納付が記入されます。また納税充当金の増減が記入されます。
したがって、法人税、法人住民税及び事業税以外の税金で損金算入となる税金については、仮払経理あるいは納税充当金取崩し経理以外（すなわち損金経理）では記入不要だということです。
よって、plokijさんの処理方法では別表5(2)への記入は不要です。
「法人税のソフトで、初期設定の段階で、損金不算入のものの欄に
源泉所得税と印字されている」のは、私の知る限りでは30年ほど前のＴＫＣの法人税申告書作成システムが一番最初だったと思います。これは当時、源泉税額の控除を行なう税理士が極めて少なかったため、あえて損金不算入の欄に設定しておいて、税額控除を行なわせるように誘導する意図があったのではないかと思います。
で、これがわりと標準的な処理になってきたので、「最近の本は損金不算入のもの記入になっている」のではないでしょうか。
なお、税額控除する源泉所得税等は「法人税、住民税及び事業税」に含めるというのが、中小企業会計指針にも記載されているので、そうしたほうが良いだろうと思います。
そうした場合、ＰＬの「法人税、住民税及び事業税」＝（損金の額に算入した納税充当金）とし、源泉税も含めて納付は全て「納税充当金取り崩し納付��」とすると、検算が簡単なので、私はそうしています。
質問は、結局、別表５(2)には何を記入するのかと言うことでしょうか。
源泉税の税額控除額についてはikkaiさんのご回答通りで、
「別表構成上、別表4の31欄には別表6(一)「6のマル3」の金額を記入しさえすればよく、別表4と別表5(2)とは直接のリンクはありません。」
「別表5(2)は、利益積立金額の計算上控除する法人税等の税額の発生及び納付の状況並びに納税充当金の積立て又は取崩しの状況を明らかにするために使用します。」（法人税申告書記載の手引き平成23年版）
すなわち、法人税、法人住民税及び法人事業税の発生と納付が記入されます。また納税充当金の増減が記入されます。
したがって、法人税、法人住民税及び事業税以外の税金で損金算入となる税金については、仮払経理あるいは納税充当金取崩し経理以外（すなわち損金経理）では記入不要だということです。
よって、plokijさんの処理方法では別表5(2)への記入は不要です。
「法人税のソフトで、初期設定の段階で、損金不算入のものの欄に
源泉所得税と印字されている」のは、私の知る限りでは30年ほど前のＴＫＣの法人税申告書作成システムが一番最初だったと思います。これは当時、源泉税額の控除を行なう税理士が極めて少なかったため、あえて損金不算入の欄に設定しておいて、税額控除を行なわせるように誘導する意図があったのではないかと思います。
で、これがわりと標準的な処理になってきたので、「最近の本は損金不算入のもの記入になっている」のではないでしょうか。
なお、税額控除する源泉所得税等は「法人税、住民税及び事業税」に含めるというのが、中小企業会計指針にも記載されているので、そうしたほうが良いだろうと思います。
そうした場合、ＰＬの「法人税、住民税及び事業税」＝（損金の額に算入した納税充当金）とし、源泉税も含めて納付は全て「納税充当金取り崩し納付��」とすると、検算が簡単なので、私はそうしています。
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