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結論からいけば、所得税法に基づけば(2)が正しいものと思いますが、(1)をしてあげても、さほど問題ないとは思います。

給与所得の収入すべき時期については、定められた給与支給日による事とされていますので、超勤手当が翌月に支払われるように決まっているのであれば、１月に支払われた昨年１２月分の超勤手当は、今年の給与所得に該当するものと思いますので、Ａ社の処理は間違いないものとは思います。
（もちろん、その分を昨年分に含めて処理してしまう会社もあるとは思いますが、その場合は、早く給与所得に入れてしまっている方ですので、税務署は何も言わないのでは、と思います。）

ただ、年末調整に含めるべき前職は、その年中に扶養控除等申告書を提出した別の会社の分となる訳で、ひょっとしたらＡ社でも平成18年分の扶養控除等申告書まで提出させていたも知れませんが、今の会社でも年初から勤めているのであれば、そもそも扶養控除等申告書は同時に二ヶ所には提出できないので、扶養控除等申告書を提出した別の会社が存在すべきではない訳で、そうなると前職分として処理はできないものとは思います。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2674.htm

ただ、Ａ社の分を含めて年末調整してあげたとしても、それで税務署から何か指摘される可能性はほぼないような気がしますし、従業員の事を思えば、その分を含めて年末調整してあげた方が、楽ではありますよね。

結論からいけば、所得税法に基づけば(2)が正しいものと思いますが、(1)をしてあげても、さほど問題ないとは思います。

給与所得の収入すべき時期については、定められた給与支給日による事とされていますので、超勤手当が翌月に支払われるように決まっているのであれば、１月に支払われた昨年１２月分の超勤手当は、今年の給与所得に該当するものと思いますので、Ａ社の処理は間違いないものとは思います。
（もちろん、その分を昨年分に含めて処理してしまう会社もあるとは思いますが、その場合は、早く給与所得に入れてしまっている方ですので、税務署は何も言わないのでは、と思います。）

ただ、年末調整に含めるべき前職は、その年中に扶養控除等申告書を提出した別の会社の分となる訳で、ひょっとしたらＡ社でも平成18年分の扶養控除等申告書まで提出させていたも知れませんが、今の会社でも年初から勤めているのであれば、そもそも扶養控除等申告書は同時に二ヶ所には提出できないので、扶養控除等申告書を提出した別の会社が存在すべきではない訳で、そうなると前職分として処理はできないものとは思います。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/2674.htm

ただ、Ａ社の分を含めて年末調整してあげたとしても、それで税務署から何か指摘される可能性はほぼないような気がしますし、従業員の事を思えば、その分を含めて年末調整してあげた方が、楽ではありますよね。

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kamehenさん、早速のご指導ありがとうございます。

(1)だと、中途入社でもないのに源泉徴収票の摘要欄に前職での収入金額や控除額を記載することになるのは変だな、と思い質問させていただきました。
「(2)が正規の処理であるが、現実的には(1)も許容されよう」という認識にたち、処理したいと思います。

kamehenさん、早速のご指導ありがとうございます。

(1)だと、中途入社でもないのに源泉徴収票の摘要欄に前職での収入金額や控除額を記載することになるのは変だな、と思い質問させていただきました。
「(2)が正規の処理であるが、現実的には(1)も許容されよう」という認識にたち、処理したいと思います。

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