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例えば会社で自家用車通勤者への通勤費の支給基準
を定めているとき(燃費×ガソリン単価×距離とか）、
それによって算出される通勤費を立替精算のような
形で、給与支払時とは別のタイミングで支払うことは
法律上問題ないでしょうか。

たとえるなら、旅費交通費の立替精算をするように、
といった感じです。
電車代とかの精算にはレシートは不用ですが(発行
されない為）、車の場合もレシート無しで精算が
できるのかどうか、ご存知の方がいらっしゃいまし
たら、ご回答、よろしくお願いします。

例えば会社で自家用車通勤者への通勤費の支給基準
を定めているとき(燃費×ガソリン単価×距離とか）、
それによって算出される通勤費を立替精算のような
形で、給与支払時とは別のタイミングで支払うことは
法律上問題ないでしょうか。

たとえるなら、旅費交通費の立替精算をするように、
といった感じです。
電車代とかの精算にはレシートは不用ですが(発行
されない為）、車の場合もレシート無しで精算が
できるのかどうか、ご存知の方がいらっしゃいまし
たら、ご回答、よろしくお願いします。

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申し上げるまでもないことですが。
自動車通勤者では、燃料実費の支給であっても、片道通勤距離で決まる非課税限度額を超える通勤手当は所得税が課税されます。

http://www.taxanswer.nta.go.jp/2585.htm

また、通勤手当の全額が社会保険上で、保険料算定月額の対象となります。
以上は支給時期とは無関係ですね、すみません。

給与の一部の支給時期を変更する上では、専門外ですが、就業規則の改定や届出が必要になるのではないでしょうか。

申し上げるまでもないことですが。
自動車通勤者では、燃料実費の支給であっても、片道通勤距離で決まる非課税限度額を超える通勤手当は所得税が課税されます。

http://www.taxanswer.nta.go.jp/2585.htm

また、通勤手当の全額が社会保険上で、保険料算定月額の対象となります。
以上は支給時期とは無関係ですね、すみません。

給与の一部の支給時期を変更する上では、専門外ですが、就業規則の改定や届出が必要になるのではないでしょうか。

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