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おそらく前期以前の分の差異が50,000円ある。と言う質問ですよね？取得価格が違う＝簿価が違う。この簿価を一致させたいと言うことですか？現原則的にこの差額の50,000円はこの資産の残存期間に渡り差額が解消されます。
また、一致させる為には会計の方で数値を変更しなければならないので、お勧めもできません。(減価償却は計画的・規則的にしなければならないので・・・）
そのれもやると言うのであれば方法を
まず、税務上の期末の簿価を求めます。その簿価に会計上なるように当期の償却をする。で、申告書の別表4で50,000円減算。
例えば、新定率法で耐用年数10年、償却率0.250とします。
税務上の期末簿価は
550,000円−550,000円×0.250＝412,500円
したがって、会計上の減価償却額は
500,000円−412,500円＝87,500円
そして、法人税の申告書別表4で50,000円を減算すればＯＫ。

もし、固定資産が土地等のように非償却資産であれば、会計上の仕訳は
固定資産　50,000円/過年度修正益　50,000円
で一致します。この場合も法人税別表4で50,000円減算すればＯＫ。

おそらく前期以前の分の差異が50,000円ある。と言う質問ですよね？取得価格が違う＝簿価が違う。この簿価を一致させたいと言うことですか？現原則的にこの差額の50,000円はこの資産の残存期間に渡り差額が解消されます。
また、一致させる為には会計の方で数値を変更しなければならないので、お勧めもできません。(減価償却は計画的・規則的にしなければならないので・・・）
そのれもやると言うのであれば方法を
まず、税務上の期末の簿価を求めます。その簿価に会計上なるように当期の償却をする。で、申告書の別表4で50,000円減算。
例えば、新定率法で耐用年数10年、償却率0.250とします。
税務上の期末簿価は
550,000円−550,000円×0.250＝412,500円
したがって、会計上の減価償却額は
500,000円−412,500円＝87,500円
そして、法人税の申告書別表4で50,000円を減算すればＯＫ。

もし、固定資産が土地等のように非償却資産であれば、会計上の仕訳は
固定資産　50,000円/過年度修正益　50,000円
で一致します。この場合も法人税別表4で50,000円減算すればＯＫ。

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法人税の申告書で償却超過額として加算された金額は、当初は50,000円ですが、その結果税務上の簿価のほうが大きくなったわけですから、おそらく現在の償却超過額は50,000円よりも小さくなっているのではありませんか？
（毎年50,000円部分に対する償却費相当額が法人税法上減算認容されてくるので。
まあ、毎年忘れずに減算認容していればの話ですが。）


私のお勧めな方法は、まず期首時点で一発修正仕訳を入れます。

1.固定資産50,000　／　2.減価償却累計額　***
　　　　　　　　　　　　　／　3.雑収入（又は過年度修正益）**

考え方としては、
1.会計上の取得原価を50,000円追加計上し、税務上の取得原価と一致させます。
2.その正しい税務上の取得原価550,000円に基づいて、前期末までの正しい減価償却累計額を計算しなおします。
その結果、減価償却累計額の計上不足が生じますので、それをこの仕訳で追加計上します。
3.最後に貸借差額で雑収入を計上します。
（この雑収入の金額が前期の法人税の別表五で繰り越されている「償却超過額」とおそらく一致するはずです。）

これで期首時点の簿価が会計上も税務上も一致しますから、当期以後の決算で計上される減価償却費は、会計上も税法上も一致するようになります。

最後に、当期の法人税の申告書では、別表五に残っている「償却超過額」相当額を別表四で全額認容します。（減算留保）。
これで法人税法上も償却超過額はなくなりますので、翌期からは申告調整不要となります。

あくまでも私の勝手な推測ではありますが、そもそもこのような会計上と税法上で取得原価が異なる事態となった原因は、おそらく固定資産の取得時に付随費用のたぐいをきちんと取得原価に算入せず、うっかり誤って費用処理してしまったものを、法人税の申告書上だけで修正したのでしょう。

もしもこのような過去の誤りが原因なのでしたら（そうでなければまた話が別ですが）、なるべく当期首において正しく修正仕訳すべき事であろうかと思います。

法人税の申告書で償却超過額として加算された金額は、当初は50,000円ですが、その結果税務上の簿価のほうが大きくなったわけですから、おそらく現在の償却超過額は50,000円よりも小さくなっているのではありませんか？
（毎年50,000円部分に対する償却費相当額が法人税法上減算認容されてくるので。
まあ、毎年忘れずに減算認容していればの話ですが。）


私のお勧めな方法は、まず期首時点で一発修正仕訳を入れます。

1.固定資産50,000　／　2.減価償却累計額　***
　　　　　　　　　　　　　／　3.雑収入（又は過年度修正益）**

考え方としては、
1.会計上の取得原価を50,000円追加計上し、税務上の取得原価と一致させます。
2.その正しい税務上の取得原価550,000円に基づいて、前期末までの正しい減価償却累計額を計算しなおします。
その結果、減価償却累計額の計上不足が生じますので、それをこの仕訳で追加計上します。
3.最後に貸借差額で雑収入を計上します。
（この雑収入の金額が前期の法人税の別表五で繰り越されている「償却超過額」とおそらく一致するはずです。）

これで期首時点の簿価が会計上も税務上も一致しますから、当期以後の決算で計上される減価償却費は、会計上も税法上も一致するようになります。

最後に、当期の法人税の申告書では、別表五に残っている「償却超過額」相当額を別表四で全額認容します。（減算留保）。
これで法人税法上も償却超過額はなくなりますので、翌期からは申告調整不要となります。

あくまでも私の勝手な推測ではありますが、そもそもこのような会計上と税法上で取得原価が異なる事態となった原因は、おそらく固定資産の取得時に付随費用のたぐいをきちんと取得原価に算入せず、うっかり誤って費用処理してしまったものを、法人税の申告書上だけで修正したのでしょう。

もしもこのような過去の誤りが原因なのでしたら（そうでなければまた話が別ですが）、なるべく当期首において正しく修正仕訳すべき事であろうかと思います。

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