こんにちは。
売上高10,000（税込10,500）に対し、協賛金100（税込105）を減額されて、支払ってきた（税込10,395）と仮定します。

方法Ａ
貴社の売上高を1％値引きするなら、売上高9,900（税込10,395）を支払ってきたわけですので、貴社の買掛金分の相殺領収書を発行することになります。
相手の領収書と金額が違うことになります。

方法Ｂ
相手先より協賛金100（税込105）の請求を入手します。協賛金分を未払金とし、買掛金と合算した金額で領収書を発行します。

私でしたら、後者で処理いたします。