（追記）
厚労省手引きの「保険料算定期間中（平成２３年４月１日〜平成２４年３月３１日）に支払いが確定した賃金は、算定期間中に支払われなくとも算入されます。」というくだりをじっと見て考えていたのですが、超勤手当については仰せの通り、まさに手引きの文言が当てはまり、つまり４月に支払う３月分の超勤手当は、旧年度の賃金総額に含めなければならないものと理解出来ます。
しかしながら、６ケ月定期代の年２回の支給については、向こう６ケ月の分を先に払おうが、過去６ケ月の分を後で払おうが、手引きの文言からは、分割計上して毎月保険料を天引きすべき旨が少なくともストレートには導かれないのではないでしょうか。それどころか、給与明細にわざわざ分割計上のうえ天引きし、新年度と旧年度の賃金総額に振り分けるのは、寧ろ違法とさえ思えてきましたが、いかがなもんでしょうか。