法人の減価償却については、任意のもので、確定した決算における損金経理が要件となっていますので、例え、別表16-1を添付していたとしても、決算の中で減価償却されていないのであれば、要件を満たしていませんので、遡っての修正もできない事となります。

形としては、減価償却はしていなかったけど、誤って、別表16-1を添付していた、という感じになると思います。

ですから、修正申告、というか、減額ですから、更正の請求になりますが、もちろんそれは不可となりますので、ややこしい事はないと思います。

当期において通常に償却して、それを基礎として、別表16-1を作成して添付すべき事になります。
（ですから、前期に添付した別表16-1の完全に無かったものとして処理する事になりますね。）

＞私の素人考えでは今期分の弥生ソフトに前年度分の減価償却をいれて別表16-1には今期分のみを記入するのはどうなのかな？と思っています。

ソフト的な事は、良く分かりませんが、基本的にはそんな感じで良いと思います。
要は、前期の償却が、そのまま今期にずれたような感じになるとは思います。
（もちろん、中途での取得・売却等が含まれている場合は、若干違ってはきますけど）