課税されるかされないのは家賃の部分ですので、役員報酬３５万は最初から課税対象です。

家賃の半額を会社が負担する場合、会社が負担した家賃（１５万）も課税給与とするかされないかの違いですので、役員報酬３５万＋１５万の４５万を課税給与とするか、３５万のみ課税給与とするかの判断になります。

判断の基準は下記タックスアンサーを参照していただきたいのですが、できれば税理士または税務署に判断を仰ぐべきと考えます。役員報酬３５万に対して家賃３０万はいかがなものか、ということに尽きると思いますが・・・・・

http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2600.htm