給与所得者の扶養控除等申告書と年末調整とを区別して考えてください。

申告書は、条件を満たせば、必ず提出しなければならない。
（提出するしないは選べない。）
年末調整も、条件を満たせば、必ずしなければならない。
（するしないは選べない。）

年末調整をするから申告書を提出する。
年末調整をしないから申告書を提出しない。
申告書を提出したら必ず年末調整をする。
という考え方は捨ててください。
２つの規定は、それぞれ別に規定されています。

参考として条文を一部抜粋

（給与所得者の扶養控除等申告書）
第百九十四条 　国内において給与等の支払を受ける居住者は、その給与等の支払者（その支払者が二以上ある場合には、主たる給与等の支払者）から毎年最初に給与等の支払を受ける日の前日までに、次に掲げる事項を記載した申告書を、当該給与等の支払者を経由して、その給与等に係る所得税の第十七条（源泉徴収に係る所得税の納税地）の規定による納税地（第十八条第二項（納税地の指定）の規定による指定があつた場合には、その指定をされた納税地。以下この節において同じ。）の所轄税務署長に提出しなければならない。

（年末調整）
第百九十条 　給与所得者の扶養控除等申告書を提出した居住者で、第一号に規定するその年中に支払うべきことが確定した給与等の金額が二千万円以下であるものに対し、その提出の際に経由した給与等の支払者がその年最後に給与等の支払をする場合（その居住者がその後その年十二月三十一日までの間に当該支払者以外の者に当該申告書を提出すると見込まれる場合を除く。）において、第一号に掲げる所得税の額の合計額がその年最後に給与等の支払をする時の現況により計算した第二号に掲げる税額に比し過不足があるときは、その超過額は、その年最後に給与等の支払をする際徴収すべき所得税に充当し、その不足額は、その年最後に給与等の支払をする際徴収してその徴収の日の属する月の翌月十日までに国に納付しなければならない。