こんにちは。

本来なら給与は「全額払いの原則」があるので翌月に控除とかはできないのですが、例外に当たる場合には控除できるとなってます。
ちょうど、過払いについてのレポート読んでるとこでした。
それによりますと、条件を3つ満たせばできるということなので
今回の事例だとできますよ。
条件は「合理的に時期が近いこと」「あらかじめきちんと予告しておくこと」「多額でないこと」

給与ソフトによってどう登録できるのかわかりませんが、
「控除」に登録してマイナスすると収入は多いままで
健康保険や税金計算は多いまでされてしまうので
私は「支給」の予備欄にマイナスで登録してます。