たまにありますよねそういうの・・・

うちではそういう工事については全て稟議決済書類作って経緯をはっきりさせるようにしています。（最近は客先コンプライアンスの問題とかもあってずいぶんなくなりましたけど）
当然終わってない工事を計上することは会計的には粉飾として問題になる恐れもありますから売上計上することはしません。

確かに税務調査ではなんでって話にはなりますけど実際終わってないものを売り上げる理由はないですよね。
正々堂々主張すればいいかと（でもってその主張を行うためにも書類は整理しておく必要がありますけどね）
また、翌期以降の支出で確認もできるかと。請求書だけを理由に否認ってことはありませんから。