誰が負担するかは幼稚園と保護者で決定すればよく、保護者の方が納得されるのであれば保護者負担で問題ないと思いますよ。

それを事前に内部で打ち合わせていなかったのが問題のような気もしますが。

予算等を厳格にされているのであれば、金額にもよりますが予算の変更の必要があるかもしれません。
会計上の処理は預り金ではなく収入になるのかなと思いますので。
そのあたりは管轄の役所に確認されるといいと思います。