収益事業からお金を出しても問題ありませんよ。
収益事業から非収益事業にお金を出すと収益事業から非収益事業への寄附金とみなされるので一部収益事業の損金に出来ます。

会計がわかりやすいように収益事業の預金から非収益事業の預金へ移した後、非収益事業から修繕費を支払う形がいいと思われます。
震災に対する特例についてはこのケースの場合よくわかりません。

市からの寄附金が何の名目でもらえるのかわかりませんが、収益事業に対する寄附金ではないと思いますので選ぶ余地はなく非収益事業で受け取るようになると思います。