前回ご質問では下記のご回答がありますよね。

>今後は会社から振り込むのが一番いいでしょう。

>どうしても現金で返金したい場合は市販の領収証を一枚営業の人に渡して返金した時に相手の署名捺印をもらえばいいと思います。

このどちらかで宜しいと私も思います。

領収書の差し替えも可能です。
その場合には、前回発行した分の後処理としてしっかりと理由書きをし、領収書控えに貼り戻すなどの必要があります。

また領収書は営業さんがその場で発行するのではなく、
会社側で作成して営業さんが持参しているのであれば、後日の発行となりますね。果たしてそれでも良いのかという問題はあります・・・時間差の問題。

その意味などから前回のご回答にある「市販の領収書を・・」ということが一策となります。
但しこの場合においても乱用防止策等を考慮する必要がありますね。
この方式を採用した場合には税務調査の際には必ずやこの領収書のチェックが入ると思います。
というよりも、現金取引を主としている場合には領収書のチェックは必須事項とお考えください。
どの方法をとっても適正に処理されていれば何ら問題にはなりませんが。

そこで市販のものでも単なる1枚ものではなく、必ず控えがついているものとし(又は複写式)、営業が必ずそれを記入し、管理者が定期的にそれをチェックするなどの具体的実施が必要です。

そして経理側では1冊ごとにナンバーを付けて誰が何番を使っているか管理すべきです。早い話が領収書の台帳管理ですね。
また当然ながら退職時には最後に使用している領収書を回収します。
こう言っては申し訳ありませんが、営業さんによる領収書の悪用・乱用というのは案外と多いものです。

振込によるものが一番確実・安全ですが、
現金取引を主としている御社で、これをするにはお客様の銀行口座などを教えて頂く必要がありますね。
果たしてそれが可能かどうかも問題となるところですね。
また振込料の負担問題も発生します。

他にも選択肢はあろうかとは思いますが、御社の状況に合わせて
上司も交えて会社全体の問題として検討しては如何でしょうか?

間違いはあり得ることですが、そもそも営業さんによる入金差異がどうしてそんなに発生するのか という原点も含めて協議してみてください。社員教育の必要性も含めて・・・。