給与課税することは所得税法上の問題であり、個人の意思ではどうにもなりません。
△両豺腓任狼詬燭鵬歙任靴討い覆い海箸砲覆蝓形態を単純に変えただけの以前診察料を全く支払っていなかったことと同じ結果になります。

>診察料はトータル0なのでいいのですが、
例えば年間5万ほどの診察料がかかったら
その5万に所得として税金がかかってくることに疑問を感じています

自己負担額が5万円は多いと思いますが、通常の定期健康診断であれば年1回でいいわけですが、病院勤務という特殊事情により回数も多く、また健康診断の範囲も広くなって費用もかかるのかもしれませんね。
全額は無理としても現物給与額の範囲を所轄税務署にお願いすることは可能だと思いますが、流れからするとその辺は終わっているような気がします。

>事業所としては利益があるのでしょうか??
個人としては税金多くとられて損している気がします

掛った費用を給与で本人に還しているとおり、事業所としては経費の支出は減っていません。
事業所のメリット理由からではないですね。