>自分の病院で診察かかると、全額病院持ちでした

たぶん、法人の経費(福利厚生費等)で処理されていたんでしょう?

>今年から、一度受付で支払をして
給料でその金額を返金する形になりました

たぶん、現物給与として、税務署から給与課税を求められたのではないかと思います。


>控除の所にしてくれればいいのに
所得の所になっています

たぶん、給与明細書の控除項目ではなく支給項目へその金額を載せているという意味だと思われますが…

  給与    診察
。隠娃娃娃亜棕毅娃亜盜欺額=差引支給額

給与明細書の支給欄に入力すれば、給与課税処理されます。


  給与     診察    差引き支給額
■隠娃娃娃亜檗福檻毅娃亜法瓧隠娃毅娃

給与明細書の控除欄にマイナス入力すれば、手取り額は増えます。
ただし、給与課税処理はされません。