解雇ではないわけですよね。
会社が締切日に拘って、退職日を決めるからおかしくなるんですね。
解雇でない限り、退職日は労働者が決めるものですから、それに沿って対応すればよいと思います。
仮に未消化の有給が出てきても、あくまでも労働者が届け出た退職日が重要になります。

私でしたら、労働者自身が後のことを考えずに本人の意思で退職届を出してきたのなら(15日退職)、有給休暇の買い取りはしません。
労基でもどこでも行ってくださいと言いますね。