正しくは改正後の耐用年数で計算するようですね
各市町村のＨＰを見てもそんな事が書かれています。
例)吹田市
http://www.city.suita.osaka.jp/home/soshiki/div-zaimu/shisanzei/original/_31991.html

電算申告ではなく、手書き申告をされていると思うのですが、そうすると市の方では増加分と減少分しか、考慮していないのではないでしょうか？
（市の方のシステムで既存分のデータのメンテナンスはなくて、増加分と減少分の入力しかしていない）

一度、市役所の担当者に相談した方が良いと思います。
ちなみにＨ２１年の申告から変わっていると思うので、もしかしたら余分に税金を支払っているかもしれませんね