事業年度を証明する書類というのは、経験がないためわかりませんが、会社を設立する時は事業年度を決めておかなければなりませんので設立時の株主総会になるのかなと思いますが、公証人や直接税務署に聞かれたほうがいいと思います。

消費税等を考慮してということですが、会社設立する人は誰でも設立前に検討して決めるものです。各種届出もだいたい設立から2ヶ月以内に提出しなければなりませんので、途中で事業年度を決めることはありえないこととしかいえません。

1月に設立されるということでしたら12月決算に決めて、その後どうしても都合が悪いなら事業年度の変更という正式な手続きをされることをお勧めします。

ちなみに消費税の免税点制度の改正は平成24年10月1日以後開始事業年度から適用される予定です。