「買主が引き受ける保証金返還債務の額は」とあるので、保証金返還債務自体は、間違いなく買主に引き継がれるという事かと思います。

ただ、「なお、売主は、当該保証金返還債務の額に相当する金員を買主に交付することを要しない」というのを読むと、保証金分を別途で現金で売主から買主に渡す事はない、という感じになりますね。

となれば、ひょっとしたら、これはまさに、ご紹介されていたサイトにある関西圏の取引慣行によるものに当たるのかな、という気がします。

とすると、先程の例を引っ張ると、不動産の代金として支払う額が仮に1億円とすると、不動産の価額は1億200万円（保証金の額を加算した金額）という事になるのでは、と思います。

ですから、不動産全部が建物と仮定すると、売主側が1億200万円が課税売上、買主側は1億200万円が課税仕入になる、という事かと思います。