すみません、年末調整、先日もお尋ねしましたがまた新たに質問です。初歩的で申し訳ありません。

弊社では入店と同時に○扶に記載し提出してもらっているのですが、この度H23年度分年末調整の書類を配布したところ、2か所で働いているので提出しない、というスタッフが出てきました。
(そのスタッフは入店時に○扶を提出済みです)
その場合、今までは甲欄で税額計算していたのですが、乙欄に変更するのは次回給与からで構わないのでしょうか??
年末調整の際、源泉徴収票には「乙欄」で記載&年末調整未済となると思いますが、本人が確定申告した場合、追徴になりますよね?

初歩的で申し訳ありません、宜しくお願いします。