こんにちは。

まずはその司法書士さんに写しがないかどうか確認してみて下さい。
もしなければ、新規に作成することになります。
その際に事業目的などは登記簿謄本に記載されていますので、
それが参考となりますね。

下記のサイト（行政書士）に詳しい記述がありますのでご覧下さい。
http://blog.goo.ne.jp/legal_mori/e/168d47244edbf39079fd301088fe6ad3

税務調査における定款の件ですが、私も今まで幾度となく税務調査を受けましたが、定款に関しては特に触れられたことはありません。
彼らは税務的にどうかだけを見ますから。