こんにちは。
あまり詳しくないですが、レスがつかないようなので・・・

＞質問１：印紙税対象金額を3万円以上100万円以下にする為に、　　　　　　値引がある際は上記の表記でよろしいでしょうか？
弊社では、「但し、消費税等50,000円を含む」とだけ記載します。

＞質問２：印紙税対象お金額を3万円以上100万円以下にする為に、　　　　　過入金がある際は上記の表記でよろしいでしょうか？
質問１と同様の文言のみ記載します。

＞質問３：印紙税対象金額を3万円以上100万円以下にする為に、　　　　　　相殺がある際は上記の表記でよろしいでしょうか？
弊社では、領収証を２枚発行します。
１枚は質問１の文言と同じで印紙は200円です。
もう１枚の領収証は額面が105,000円で、但し書きは「相殺」とします。