こんにちは。
あまり詳しくないですが、レスがつかないようなので・・・

>質問1:印紙税対象金額を3万円以上100万円以下にする為に、      値引がある際は上記の表記でよろしいでしょうか?
弊社では、「但し、消費税等50,000円を含む」とだけ記載します。

>質問2:印紙税対象お金額を3万円以上100万円以下にする為に、     過入金がある際は上記の表記でよろしいでしょうか?
質問1と同様の文言のみ記載します。

>質問3:印紙税対象金額を3万円以上100万円以下にする為に、      相殺がある際は上記の表記でよろしいでしょうか?
弊社では、領収証を2枚発行します。
1枚は質問1の文言と同じで印紙は200円です。
もう1枚の領収証は額面が105,000円で、但し書きは「相殺」とします。