お金さえ支払えば税理士が相談にのってくれます。

>過年度修正損/期首棚卸で決算上処理し、別表4で加算をした方がいいでしょうか?

そうしてください。

>それとも過年度修正損などで処理せずに通常の仕訳例えば期首棚卸/商品  商品/期末棚卸で処理したらまずいですかね?

法律上まずいです。