通常は「退職所得の受給に関する申告書」を会社に提出することで確定申告は行わないです。ご心配なのは転進支援特別退職金の事だと思うのですが、所得税では本来の退職金と合算して退職金として扱われます。

http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/gensen/annai/1648_37.htm