こんにちは。
商社ではないですが、レスが付かないようなので。

１．インボイスは売上の証憑となりうるか。

商社では納品書・明細書・請求書をひっくるめてインボイスというのですね。知りませんでした。
で、弊社の場合ですが売上計上は、売上伝票を元に行います。売伝は、４枚複写になっていて、売伝、納品書、請求書、受領書がセットになっています。
手渡しの時は受領印を頂きます。郵送の場合は受領書を返送してもらいますが、少額の時は、頂かないこともあります。
注文書は大体取り交わしますが、これをもって売上とする事はありません。

handaiさんは証憑とできないのではないかとご心配されていますが、注文から納品までは時間が掛かる場合もありますし、普通は注文書だけでは売上を計上しないと思いますよ。多分。


２．返品や値引きはどういった書類に基づくのか。

例えば、こういうものです。
http://www2.odn.ne.jp/~cdz15880/bungu/page6_i13.html

これに従って、入庫処理を行ったり、売上の取消しを計上します。
この辺は、各々の会社で違うと思のではないでしょうか。