4・5・6月に実際に支払われた報酬が対象となりますので何月分とか締め日は考えなくてよいです。

御質問の題名が基礎日数となってるので一応書きますが、記載例にもありますように支払基礎日数は月給だと暦日数なので4月30、5月31、6月30日ですね。
欠勤日数分を給与から引いていればその日数を引くようになります。