こんにちは。
本来であれば帳簿と実残高は一致しないといけません。
個人使用分は「仮払金」処理し、出納帳にも出金の都度、仮払金と仮払先を記入していけば合うのではないでしょうか？
ただ、あくまで仮払なので仮払金を戻す＝会社の経費なら精算する・個人使用なら現金を会社に返さなければいけません。

一つ気になったのは、給与は形だけで実際にはきちんと出してないとの事ですが、会計上は未払金にされてるという事でしょうか？
もし　役員報酬/未払金となっているのであれば、個人的支出のときは未払金/現金として未払金を消していけば実残高とも合い綺麗になります。

少し御質問とはズレますが実残高と合わないという過去スレがありましたので貼っておきますね。
http://www.otasuke.ne.jp/modules/xhnewbb/viewtopic.php?topic_id=12058&post_id=47420#forumpost47420