色々な方法があります。
棚卸の減耗が毎期あるのであれば、あえて費用計上せず期末棚卸高を減額すればよいです。
減耗額を明確に表示したいのであれば、廃棄損等(営業外または特損)で費用計上します。
問題の貸方ですが、一般的なのは他勘定振替高(売上原価の控除項目)です。ただこれを使わずとも仕入を減額さても良いと思います。
廃棄損等の消費税は不課税です。(仕入を計上した時点で、仕入税額控除は済んでいるからです)
ご参考までに…