mabooさん、こんにちは。
返信が遅れて申し訳ありません。参考例、ありがとうございます。

就業規則の方にはありませんでしたが、弊社には「１年単位の変形労働時間制に関する協定」というものがあり、こちらがその役割を果たしているようです。
ただ、手当に関しては特に書かれていませんでした；　賃金に関しては、いまだにどんぶり勘定の性格が強いようです。
これらがきちんと制定されていないと、万が一の時に大変なので、もう少し自分で調べて、上と話し合いながら規則を決めていきたいと思います。
ためになる例、ありがとうございました。