こんにちは。詳しい回答、ありがとうございました。

就業規則、一応決まってはいるものの、あくまで建前的なもので実際は…という状態なので、あまり頼りにならないのです；
ただ、今までしてきた計算から考えると、yucha様の仮定の通り『始業・終業時間主義』が近いようです。

重なっている部分をマイナスする方法が一般的なようなので、月給の方をマイナスして、残業手当を活かす方向で改めて考えてみようと思います。
ありがとうございました。