こんにちは。レスがつかないようなのでわかるところだけですが。

少し調べたところ日をまたぐ出勤の場合は、翌日の出勤時間まで
勤務は継続するものとする、という規定があります。
夕方からの勤務を当日の残業時間とするか、シフトをして出勤したものにするかは、その会社の就業規則によるようです。
（『始業・終業時間主義』による『実労働時間主義』によるかだそうです。おおざっぱに言うと始業時間に遅れたら残業しても遅刻になり、残業分は割増がつくのと、遅刻をしても実労働８時間を超えた分にのみ割増がつくという違いだそうです。）
書かれている内容からすると１８時からも割増をつけられているので『始業・終業』パターンと仮定して考えます。

まず、割増残業のみ支払うのが
１８時〜２２時　４時間×１．２５

２２時以降は割増残業と深夜労働両方の支払いが必要です。
２２時〜２９時（朝５時）−休憩１時間
　６時間×１．６（１＋０．２５＋０．３５）
法律的には深夜手当は０．２５。
それに残業手当がつくので最低でも１．５が必要です。

給与の支払い方法としては、
月給分と残業手当、深夜労働手当分を支払って、重なっている部分をマイナスする方法が多いようです。
たぶん労働契約から考えるとこの方法になるのかと思います。

就業規則がわからないので確信をもってこれとは言えないのですが、参考にしていただければ。