厳密に言えば入社日で資格取得、退社日で資格喪失の手続きとなるのでしょうが、たった2日でそこまでする必要はないでしょう。

実際資格取得の手続きは入社日の翌月10日までに行なえばいいことになっています（資格取得日はあくまでも入社日です）。ということは、最短で10日、最長で約40日の猶予があります。もしその間に（まだ手続きをしていない間に）辞めてしまうようなことがあれば資格取得の手続きをしなければいいだけのことです。

ただ、その間に給与の支払いがあり雇用保険料を徴収していた場合は問題が発生する可能性がありますので注意してください。また、労災保険はたとえ在籍日数が1日でも会社負担が発生します。