現金で過入金とは珍しいですね。
現金は経験したことはないのですが、廻し手形で過入金になった時は手形金額の領収証をそのまま発行しました。
敷金などのようにいつか返金する訳でなく先にもらったんですし領収証でいいのではと思います。
「※※代として」という但し書きをいつもされてるのであれば、1,600円※※代、400円はお預かり、とした方がいいかもしれませんね。
毎月ある集金で特に但し書きを記入していなければ2,000円の領収証を発行するだけでも問題ないかと思うのですが(私はこのパターンでした)
ただ、弊社の場合は請求書に「繰越額」や「御入金額」等が記載されるので過入金は請求書で確認してもらう事ができ、領収証を重要視してないからかもしれませんが。。

いやいや駄目だろ!という御意見があればお待ちしてます。