＞始めの3ヶ月は社会保険は給与からひかないで
この３ヶ月は何を根拠にされてるのでしょうか？

試用期間や研修期間であっても会社との使用関係があり報酬も得ていれば被保険者となりますので
使用関係が発生した日、入社日が資格取得日となります。

任意継続されている場合はこの資格取得日を喪失した日として、「任意継続被保険者資格喪失申出書」を全国健康保険協会の各支部に提出してもらってください。
http://www.kyoukaikenpo.or.jp/9,0,48.html

任意継続の期間は２年ですが、就職して健康保険の被保険者になるときは任継は喪失となります。

御社としては翌月の給与から社会保険料を控除してください。
２月分保険料だったら３月支給の給与から控除するという事になります。
これは今いる社員と同じなので深く考えなくても大丈夫ですよ。

参考になれば幸いです。