(代表取締役が変更になり、前社長の出資した資本金500万円を新社長が返済(?)するという話になりました。)

これは個人間の株式譲渡の話になりますので、会社の資金で払うというのは全く筋違いです。
つまり新社長が個人資金で株式を買い取るということです。
どうしても会社の資金で返済するのであれば、ご質問の仕訳は、新社長への貸付金になります。従っていずれは会社に返済しなければなりません。返済原資を役員報酬から行うのであればできないことではありません。
しかし、いずれにしても新社長個人が負担すべき資金には変わりありません。