不思議な処理をされる会社ですね。
まず、正確な売掛金残高を確認することですね。
それができれば、帳簿上は売掛金残高が不足しているわけですから借方に売掛金を計上すればよいですね。
問題は貸方です。ここには本来であれば収益科目が必要です。
しかし、社長が現金を入金したとなれば社長からの借入金となります。
これで残高は調整できます。
しかし、この取引はあまりにも不自然です。
当局からすれば社長が入金した資金の出所に疑いをもって当然でしょうね。つまり簿外所得があるのではないかと考えるわけです

ここの部分は明確にされた上で処理すべきですね。