税務署から届いた年末調整等の書類の中に全市町村共通の総括表が入ってませんでしたか？
ホームページからダウンロードできる市町村もあります。

なぜ総括表が届かなかったのかは分かりませんが
入社したてで特別徴収が始まってなかったとかでしょうか。

提出範囲としては、退職者で年間の給与支給が30万未満の場合は提出を省略できます。