sebiraさん、レスありがとうございます！

>あまり規模は大きくない会社とお見受けします。

会社としてどの程度の規模なのかはよく分からないのですが…本社にはパート・アルバイト含め30人ほどですが、複数の事業をしていて、全部含めると50人を越えると思います。

これが会社としてどの程度なのかはよく分からないのですが…通常の業務上での信頼できる上司は「この規模で、今まで１人だけ（急に辞めた人のこと）で経理やっていたのは無理があると思う」と言っています。

>経理は、小さい会社でも一人で経理の実務ができるようになるには、簿記会計の基礎的な知識がある人が指導を受けながらでも3年はたっぷりかかると思っています。
>やればできるという安易な考えで、社長の希望どおり一人で会社の経理を背負い込みますと、あなた自身がボロボロになるし、会社にも迷惑をかけることになります。ここは社長にいい顔をしてはダメです。

やはりそういうものなんですね…。
決して甘く思ってはいませんでしたが、大変骨身にしみるお言葉をいただき、「やれば出来るかも」という軽い気持ちで請け負うのは控えるようにしようと思います。

会計ソフトが税理士事務所で使用しているものとは別のものだから使えないらしく、そのソフトを使用できる人を新しく雇うか、雇う人に合わせて新しいソフトを入れるか、完全に事務所に任せるか、ということのようで…
だったら既存の従業員が使えるようになれば経費がかからない、ということで私にお鉢が回ってきた、という感じです。

>あなたの役目は、現在担当している仕事のほか、この資料を取りまとめ、事務所側にキチンと渡すことと、返ってきた資料を整理し、ファイルなどに保管することが、さしあたってのもっとも大切なことでははないかと思います。

確かに税理士の先生からも、そのように言われています。
でも、あくまで事務所側がわかるような整理をして欲しいので、前担当者がしていたやり方と全く同じようにすればいいわけではなく、かと言って私もそういう整理自体の勝手がわからなく、もう本当に初歩の初歩の段階で頭を痛めています。
こればっかりはなんとか自分でコツをつかんで、わからないところは税理士先生に聞きつつ、やっていくしかないですよね。

経理の補助的な立場で役目をこなしていき、徐々にでもスキルアップが出来れば、と思います。

大変参考になるご意見をいただけて嬉しかったです。
ありがとうございました！