弊社では過入金分を仮受金とし、返金したら戻しています。

PTA様お書きの通り、先方のミスであれば振込返金時の振込料は差引いて構いません。
いちおう先方には差引きますと連絡してます。
その場合の仕訳は経費や買掛金を振込料差引いて支払うのと同じやり方となります。
後払いであれば振込料の赤黒ですが、ATMや窓口で同時に払うのであれば振込料も含めて仮受金や預り金の戻し1行でいけます。