過入金分をいったん預り金で受けて、返金時にこれを消すと言うのはいかがでしょうか？
振込手数料をどちらが負担するかというのは微妙ですが、過入金が相手側のミスであれば、差し引きして支払ってもいいと思います。その時は実際の振込手数料と相殺（赤黒仕訳）ではるか昔は実務していた覚えがあります。今はどうなのかなあ。