もう遅いでしょうか。いちおう書いてみます。

タックスアンサーにありますが、現金で支給される住宅手当や、入居者が直接契約している場合の家賃負担は、社宅の貸与とは認められないので給与として課税されます
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2597.htm

弊社でも会社契約と個人契約の住居が混在してましたが、個人契約の人だけ給与課税されるのは不公平なので全て法人契約に切り替えました。
敷金・礼金は会社負担、退去時の修繕は個人負担です。
家賃の個人負担は弊社独自の計算式があり、同じ物件だとしてもその社員の本棒・役職などで負担額は変わります。