onnoさん、こんにちは。
私は以下の2業種で差異調査をしたことがあります。
/品製造業:売上500億円ぐらいの規模
凡そ2%ぐらいと記憶しています。
ほとんどが自社生産だったので、毎月棚卸及び調査を
行っていました。
砂糖等の粉末や液体は比重の関係もあって差異が出やすいです。
仕掛品は生産計画にも影響が出るのでもっとシビアです。
ロットあたりの出来高と比較しつつ週間単位でみていました。

家具金物製造業:売上150億円ぐらいの規模
現在勤務中の企業です。
凡そ3-4%ぐらいになると思われます。
差異が大きくなる理由として、
・ほぼ100%外注生産なのでどうしても管理レベルが落ちる。
・1000個入りと書いてあっても10個とか20個とか余計に
 同封されているケースが多い。
といった事象です。

気になったのは棚卸の期間です。
半年だと調べるのは大変じゃないですか?
毎月とはいいませんが、少なくても四半期毎にみないと
原因もわかりずらいし何より何か現場サイドで問題が
あった場合に、時間ロスが大きすぎます。
人員的に問題があるのであれば、月別に理論算を出して
差異が大きいところだけでも潰していくのはどうでしょうか。

あとは、onnoさんも現場へ何度となく足を運んでみましょう。
在庫担当者が気づかない原因が発見できるかもしれませんよ。