読解力が足らなくて恐縮ですが、

御社の未完成の工事現場にかかる外注で、
下請けから出された9月末締めの請求書に8月分がある

ということでよろしいですか？

未成工事支出金勘定をご使用であれば、
完成していない工事の経費は、
費用収益対応の原則より
未成工事支出金として棚卸資産にするべきです。
ただし、これまでも決算で未成工事支出金を使っていた場合です。

先方に「8月決算なので」と伝えれば
請求書を出し直してくれると思いますよ。
請負工事の外注であれば、
出来高精算書をもらうといいですね。

あと、文面から想像するに、
建設業用の会計ソフトではなく、
商業用ソフトに未成工事支出金を設定して使用していますか？
それであれば、仰るとおり

経費／未払金
未成工事支出金／経費

で宜しいかと思います。
できれば、販管費で使用する未払金と、
工事原価の工事未払金は分けたほうがいいかと思いますが。
蛇足です。