>借方預金/貸方売上という処理となっていました。
この、預金へ入金する際は「預け入れ」ですか？それともお客様名を騙った振込処理でしょうか？
通常の売上計上を売掛金で統一されているのであれば、売上発生日で売掛金の計上と入金処理している伝票の修正伝票を起票すれば良いです。

>証憑には請求書および納品書のコピーを貼り付け、集金日を貼り付けて処理をしました。
この処理は問題ないと思います。