>担当者の不在時に領収書を発行せずに集金、入金をしてしまったようです。
集金後に領収書未発行の件については、先方へ連絡して領収書を発送したい旨を伝えれば大丈夫だと思います。

問題は、入金処理まで完了されてしまう状況の改善をされる方が良いと思います。
そして、入金処理された当日の現金は恐らく帳簿との残高に差異が発生していたかと思いますが、それは今もそのままとういことでしょうか？（帳簿上の処理に困られているようですので）

現金の有高は毎日チェックされていると思いますので、遡って経常するのではなく、処理日にて集金額を「売掛金」または「売上」で計上し、摘要に集金日を記載しておくと大丈夫です。
もし、入金先が「預金」であれば口座入金日で処理すれば問題ありませんよ。