私自身はディーラーが手続きしてくれるので自分でした事はないのですが
抹消登録の際に手続きできるものと思います。
とりあえず神奈川県のですが分かりやすかったので貼っておきます。
http://www.pref.kanagawa.jp/kenzei/zeimu/aramashi/aramashi-kanpu.html

廃車となるのか売買されるのかで手続きも違うようです。
http://www.mlit.go.jp/jidosha/kensatoroku/toroku/index.htm