こんにちは。

>過去に仕訳した未払費用分も、この時点では債務が確定したことになるので、未払金への振替仕訳を起した方がいいのでしょうか。

厳密な仕訳を行えば、未払金への振替が望ましい姿になりますが、省略することも可能と思います。